در مورخه 1382/06/29 مجموعه ای از علماء با تشخیص فرصت ها و موانع و با توجه به حق برخورداری از فعالیتهای دینی و فرهنگی مصرح در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران و با درک مسئولیت دینی و انگیزه تولید و توسعه علم بعد از فراهم بودن بستر مناسب جهت ایجاد رشته های مختلف علوم اسلامی اقدام به تأسیس (معهد عالی علوم اسلامی اهل سنت و جماعت جنوب ایران) نمودند.

معهد عالی مؤسسه ای است علمی، تربیتی، اجتماعی، پویا و مستقل که با تکیه بر نیروی انسانی متعهد و توانمند و در حدّ امکانات خود، می کوشد خدمات دینی را به جامعه ارائه نماید.

معهد با درک فرصت های موجود در جامعه و شناخت موانع محیطی تلاش می کند با توجه به حقِ برخورداری از فعالیت های دینی و فرهنگی مصرح در قانون اساسی نظام جمهوری اسلامی ایران به شناسایی استعدادهای تأثیر گذار در جامعه و پرورش متخصصان علوم شرعی (متصف به علم و تزکیه و آشنا به مسائل روز) در رشته های مختلف و مورد نیاز اقدام نموده و از این طریق به ساماندهی فعالیت های دینی در جامعه بپردازد.

تأکید بر اصل ارتقای کیفیت، تثبیت شخصیت و ترفیع جایگاه معهد در مراکز علمی، در اولویت کاری مسئولین معهد قرار دارد.

معهد عالی علوم اسلامی اهل سنت و جماعت جنوب ایران با دارا بودن بیش از ده دانشکده در سطح عالی و تحصیلات تکمیلی بزرگترین مرکز آموزشی در جنوب کشور می باشد که وظیفه خطیری را در امر آموزش علوم دینی با گرایش های مختلف برای جامعه اسلامی بر عهده دارد.

از مهمترین مؤلفه های توفیق معهد عالی علوم اسلامی اهل سنت و جماعت جنوب ایران در مدیریت یکپارچه این دانشکده ها، هماهنگی و تعامل اثر بخش بین مسئولین است که موجب می شود سیاست های کلان معهد به خوبی در زیر مجموعه ها به اجرا برسد.

دانشکده های زیر مجموعه معهد بر حسب اولویت تاریخ تأسیس عبارتند از: